Negli USA, tra il bestiame, a ceppo aviario altamente patogeno che secondo recenti analisi circola da mesi e al quale è stato collegato anche un caso umano. SU Natura le prime analisi effettuate sui dati genomici resi pubblici da Dipartimento dell’Agricoltura degli Stati Uniti (USDA). Al momento, nonostante sia stato registrato un caso umano, gli scienziati non credono che l’epidemia nel bestiame consentirà al virus di diffondersi acquisire la capacità di diffusione ampiamente tra la gente, ma aggiungono che è importante essere vigili.
“Nella risposta a un’epidemia, più velocemente si ottengono i dati, prima si può agire”, afferma Marta Nelson, epidemiologo genomico del National Center for Biotechnology Information (NCBI) di Bethesda, nel Maryland, ha ascoltato Nature. Nelson aggiunge che con ogni settimana che passa, la finestra per controllare l’epidemia si restringe. Il 25 marzo le autorità federali statunitensi hanno annunciato che un ceppo altamente patogeno dell’influenza aviaria era stato rilevato nelle mucche da latte. L’USDA ha successivamente confermato l’infezioneil ceppo chiamato H5N1 in 34 aziende lattiero-casearie in nove stati. Tra la fine di marzo e l’inizio di aprile, l’USDA ha pubblicato una serie di sequenze virali di mucche campionate in Texas e la sequenza di un caso umano nell’archivio Gisaid.
Il 21 aprile, l’USDA ha pubblicato ulteriori dati di sequenziamento sul Sequence Read Archive (Sra). L’ultimo caricamento includeva circa 10 gigabyte di informazioni sul file sequenziamento di 239 animali, tra cui mucche, polli e gattiafferma Karthik Gangavarapu, un biologo computazionale della Scripps Research di La Jolla, che ha elaborato i dati grezzi. L’analisi dei genomi suggerisce che l’epidemia del bestiame probabilmente ebbe inizio nel un unico salto di specie a dicembre o all’inizio di gennaio. Nelson, che sta analizzando i dati, afferma di essere rimasta molto sorpresa dall’entità della diversità genetica nel virus che infetta i bovini, indicando che il virus aveva mesi per evolversi. Tra le mutazioni ci sono cambiamenti nella sezione della proteina virale che gli scienziati hanno collegato a un possibile adattamento alla diffusione nei mammiferi, spiega.
I dati mostrano anche occasionali “rimbalzi” dalle mucche infette agli uccelli e ai gatti. “Si tratta di un’epidemia multi-ospite”, afferma Nelson. Gli scienziati non hanno informazioni sulla data precisa di raccolta di ciascun campione e sullo stato in cui è stato raccolto. Tali lacune informative sono “molto anormali”, afferma Nelson. La mancanza di “metadati” rende più difficile rispondere a molte domande aperte, come ad esempio come il virus viene trasmesso tra le mucche, e rende difficile determinare esattamente quando il virus è stato trasmesso alle mucche dagli uccelli.
Queste informazioni potrebbero aiutare a controllare l’ulteriore diffusione del virus e a proteggere i lavoratori degli allevamenti. I ricercatori vogliono effettuare più tamponi anche sui bovini e sugli uccelli selvatici per ottenere maggiori informazioni sull’origine esatta dell’epidemia e per decifrare un altro enigma. I dati genomici rivelano che il genoma virale sequenziato dalla persona infetta non include alcune delle mutazioni distintive osservate nei bovini. “Questo è un mistero per tutti“, dice Nelson. Una possibilità è che la persona sia stata infettata da un ceppo virale separato, che ha infettato il bestiame non sottoposto a tampone. Un altro scenario meno probabile, che non può essere escluso, dice Nelson, è quello della persona è stato infettato direttamente da un uccello selvatico. Shilo Weir, specialista in affari pubblici presso l’USDA, afferma che l’agenzia ha deciso di pubblicare i dati della SRA in questo modo per renderli pubblici il prima possibile. Weir afferma che l’agenzia “lavorerà il più rapidamente possibile” per pubblicare file selezionati su Gisaid con le informazioni epidemiologiche pertinenti e continuerà a rendere disponibili su base continuativa i dati grezzi sulla SRA.
Gianmarco Pondrano Altavilla
