Contrastare le future pandemie attraverso l’analisi dei dati dei genomi dei virus ricombinanti. Uno studio pubblicato sulla rivista Comunicazioni sulla natura presenta i promettenti risultati di RecombinHunt, un nuovo metodo basato sui dati sviluppato dal Dipartimento di Elettronica, Informazione e Bioingegneria dell’ Politecnico di Milano e dalUniversità degli Studi di Milanocapace di riconoscere, con elevata precisione ed efficienza computazionale, i genomi ricombinanti SARS-CoV-2 con uno o due punti di rottura.
La ricombinazione, ovvero l’assemblaggio di due o più genomi virali per formare un nuovo genoma, è un meccanismo molecolare efficiente per l’evoluzione e l’adattamento dei virus.
Sulla scia della pandemia di COVID-19, sono stati proposti diversi metodi per rilevare i genomi ricombinanti del virus SARS-CoV-2; tuttavia, finora, nessuno è stato in grado di confermare fedelmente le analisi manuali degli esperti sul campo.
ReconbinHunt mostra elevata specificità e sensibilità, è più efficace di tutti gli altri metodi già sviluppati e conferma fedelmente le analisi manuali degli esperti.
Il metodo, sviluppato nell’ambito del progetto PRIN PNRR 2022 SENSATO (Sistema di allerta precoce basato su dati di piccole dimensioni per agenti patogeni virali nella salute pubblica), Inoltre identifica anche i genomi virali ricombinanti della recente epidemia di vaiolo delle scimmie con un’elevata concordanza con le analisi curate manualmente dagli esperti, suggerendo che l’approccio è solido e può essere applicato a qualsiasi virus epidemico o pandemico, costituendo uno strumento importante per contrastare future pandemie.
Il professore Stefano Ceri nota che “La ricerca è stata possibile grazie allo straordinario contributo di laboratori di tutto il mondo, che hanno messo a disposizione della comunità internazionale oltre 15 milioni di sequenze virali.” Il dottore Anna Bernasconiresponsabile del progetto SENSIBLE, osserva: “IlIl nostro obiettivo è quello di costruire strumenti di allerta per anticipare e contrastare nuove epidemie e pandemie virali”.
“Lo studio dimostra come lo sviluppo di metodi computazionali innovativi ed efficienti consenta di apprezzare in modo più preciso e rigoroso l’evoluzione dei patogeni e le possibili implicazioni per la salute umana.“, Aggiunge Matteo Chiaraprofessore di Biologia Molecolare presso l’Università degli Studi di Milano e co-responsabile del progetto SENSIBLE.
Ha contribuito allo studio Tommaso Alfonsiche ha recentemente conseguito il dottorato di ricerca “cum laude” in Ingegneria dell’Informazione, presentando questa e altre ricerche.
Il link allo studio pubblicato su Nature Communications.
